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Genau genommen werden durch die beabsichtigte Änderung des Gesetzes keine neuen Möglichkeiten der elektronischen Übermittlung zugelassen. Auch nach dem bisherigen bereits vor dem 1. Juli 2011 bestehenden Wege – die Übermittlung entweder mit einer qualifizierten elektronischen Signatur oder im Rahmen eines EDI-Verfahrens – können Rechnungen auf alle erdenklichen technischen Arten übersendet werden.

Der Vorteil des dritten, "technisch neutralen" Weges liegt daher auf der Hand. Die qualifizierte elektronische Signatur nach dem SigG und das EDI-Verfahren sind nicht mehr zwingend vorgeschrieben. Insbesondere in den Bereichen, in denen diese Verfahren impraktikabel oder aus Kostengründen nachteilig sind, ist der Weg frei, elektronisch übermittelte Rechnungen einzusetzen.

Andererseits stellt der "dritte, technisch neutrale Weg" gegenüber den bisher schon zulässigen Verfahren insofern keine Vereinfachung dar, als dass die Neuregelung dieselben Anforderungen stellt, die nach den bestehenden Verfahren (qualifizierte elektronische Signatur nach dem SigG und EDI) zu erfüllen sind. Der Unterschied liegt darin, dass das Gesetz bei den bestehenden Verfahren unterstellt, dass die Echtheit der Herkunft der Rechnung, die Unversehrtheit des Inhalts und ihre Lesbarkeit erfüllt sind. Bei dem "dritten, technisch neutralen" Weg muss der Steuerpflichtige dagegen mit einem innerbetrieblichen Kontrollverfahren, das einen verlässlichen Prüfpfad zwischen Rechnung und Leistung schafft, für die Einhaltung selbst Sorge tragen.

Der Nachteil besteht somit darin, dass der Steuerpflichtige ein gegenüber den bisherigen Verfahren erhöhtes Risiko in Kauf nehmen muss, dass die elektronische Rechnung nicht die oben dargestellten Kriterien erfüllt und daher nicht zum Vorsteuerabzug berechtigt. Dieses Risiko kann nur durch den Einsatz sorgsam ausgearbeiteter und umgesetzter organisatorischer und/oder alternativer technischer Verfahren minimiert werden.

Vor dem Versand elektronischer Rechnungen ist ein innerbetriebliches Kontrollverfahren – gegebenenfalls unter Nutzung bereits vorhandener Prozesse – für die Finanzverwaltung nachvollziehbar einzurichten.

Insbesondere der Empfänger einer elektronischen Rechnung ist gehalten, die möglichen Risiken und erforderlichen Kontrollen zu identifizieren, um die Authentizität, die Integrität und die Lesbarkeit einer Rechnung sicherzustellen. Dies gilt in gleicher Weise für die Anforderungen an die elektronische Archivierung.