Concret, MLI modifică tratatele fiscale încheiate între două sau mai multe părți. El nu va funcţiona precum un protocol de modificare a unui singur tratat existent, care să amendeze în mod direct textul Acordului Fiscal ce îi intră sub incidenţă. Cu alte cuvinte, scopul MLI este de a implementa rapid măsurile BEPS în materie de tratate fiscale – o singură modificare în locul a peste 3.000 câte tratate bilaterale sunt. Astfel, MLI se va adăuga la tratatele fiscale curente, modificând modul lor de aplicare - dar aceste modificări pot să difere de la caz la caz. În scopuri interne, unele țări pot dezvolta versiuni consolidate ale propriilor Acorduri Fiscale ce intră sub incidenţa MLI, acest demers nu este însă o condiție indispensabilă pentru aplicarea instrumentului, iar până atunci statele, printre care și România, vor trebui să apeleze la un instrument pus la dispoziție chiar de OCDE („matching tool”), pentru a stabili modul în care un tratat de evitare a dublei impuneri este impactat de MLI.
Ca prim pas, MLI impune statelor să modifice în tratatele lor fiscale preambulul, pentru a sublinia în mod expres că, deși scopul tratatelor este evitarea dublei-impuneri, aplicarea acestora nu poate în niciun caz crea oportunități de neimpozitare, impozitare redusă sau de evitare a impozitării, dar și să refuze acordarea beneficiilor acordate contribuabilului printr-un tratat fiscal de eliminare a dublei-impuneri, dacă se va constata că scopul sau unul dintre scopurile principale pentru încheierea oricărui aranjament sau tranzacții de către contribuabil a fost tocmai obținerea respectivelor beneficii. Aceste modificări nu fac altceva decât să sublinieze încă o dată aplecarea către substanța economică a tranzacțiilor, aspect cu care suntem deja familiari de ceva vreme.
Doar că, așa cum sublinia Raluca Popa, MLI nu înseamnă un set de reguli pe care toată lumea trebuie să le aplice, așa cum este cazul DAC 6 (un alt instrument derivat din BEPS). Statele sunt libere să își aleagă anumite opțiuni în modificarea tratatelor, ba, mai mult, majoritatea opțiunilor necesită simetrie între țări pentru a se putea aplica. Cum ar fi, de pildă, noile reguli de rezolvare a conflictelor de rezidență fiscală. Concret, MLI va produce efecte dacă: ambele state contractante au semnat și ratificat MLI - acesta este încă un proces în derulare - din 99 de state semnatare, doar 70 au ratificat până la acest moment instrumentul (US nefăcând parte din aceasta listă); dacă fiecare stat contractant a inclus celălalt stat în lista de tratate MLI (adică Acordurile fiscale acoperite) – notabil că România nu a inclus tratatul cu Germania în listă, deci acesta nu este afectat de MLI - pe de altă parte, deși a selectat tratatul cu Elveția, întrucât aceasta din urmă nu a ales la rândul său să aplice MLI pentru tratatul cu România, nici acest din urmă tratat nu va suferi modificări (listele pot fi, însă, oricând revizuite în mod unilateral); dacă există concordanță în ceea ce privește modificările ratificate de cele două state (adică ambele jurisdicții optează pentru aceleași modificări). În cazul în care nu există concordanță cu modificările ratificate de cele două state, MLI nu produce niciun efect (cu unele excepții).