Tin nhanh Hải quan & Thương mại Quốc tế | Tháng 1 năm 2026 | Những thay đổi chính về thủ tục hải quan có hiệu lực từ ngày 1 tháng 2 năm 2026

Tin nhanh này nhằm cập nhật một số thay đổi chính về thủ tục hải quan trong Thông tư số 121/2025/TT-BTC. Những thay đổi này sẽ có hiệu lực từ ngày 1 tháng 2 năm 2026. 

Ngày 18 tháng 12 năm 2025, Bộ Tài chính (BTC) đã ban hành Thông tư số 121/2025/TT-BTC (Thông tư 121), sửa đổi và bổ sung một số quy định của Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25 tháng 3 năm 2015 (Thông tư 38) và Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20 tháng 4 năm 2018 (Thông tư 39). Các thông tư này quy định về thủ tục hải quan, kiểm tra và giám sát hải quan, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. 

Thông tư 121 đưa ra 68 khoản sửa đổi và bổ sung cho các điều, khoản và phụ lục khác nhau của Thông tư 38 và Thông tư 39, và bãi bỏ một số văn bản quy phạm pháp luật. Thông tư 121 sẽ có hiệu lực từ ngày 1 tháng 2 năm 2026. 

Một số quy định mới đáng chú ý của Thông tư 121 như sau. 

1. Khai bổ sung chỉnh sửa số lượng hàng hóa 

Thông tư 121 bổ sung các thủ tục và hồ sơ hải quan đối với trường hợp doanh nghiệp cần khai bổ sung sửa đổi số lượng hàng hóa đã khai báo trước đó trên tờ khai hải quan khi gửi thừa hàng, nhầm hàng, hoặc thiếu hàng, cũng như hàng hóa là đối tượng có thỏa thuận về dung sai giữa nhà nhập khẩu và nhà xuất khẩu. 

2. Bãi bỏ thủ tục hải quan thay đổi mục đích sử dụng khi tái xuất hàng hóa 

Theo các quy định trước đây, khi tái xuất lượng nguyên liệu nhập khẩu để gia công xuất khẩu, sản xuất xuất khẩu, hoặc chế xuất, các doanh nghiệp phải thực hiện thủ tục thay đổi mục đích sử dụng và không phải nộp thuế nhập khẩu, sau đó sẽ làm thủ tục hải quan xuất khẩu. Quy định mới không yêu cầu thực hiện thủ tục thay đổi mục đích sử dụng, thay vào đó các doanh nghiệp chỉ cần thực hiện thủ tục hải quan xuất khẩu hàng hóa theo quy định. 

3. Bổ sung hình thức tham vấn trị giá hải quan

• Bên cạnh hình thức tham vấn trị giá trực tiếp vẫn đang được áp dụng cho phép các nhà nhập khẩu chứng minh về trị giá đã khai báo, Thông tư 121 bổ sung hình thức tham vấn trị giá gián tiếp. 
• Theo hình thức mới này, các doanh nghiệp sẽ trao đổi, làm rõ và cung cấp giải trình về trị giá hải quan đã khai báo với cơ quan hải quan thông qua hệ thống điện tử. Các doanh nghiệp được cơ quan hải quan đánh giá mức tuân thủ cao trở lên được lựa chọn hình thức tham vấn trị giá gián tiếp.

4. Yêu cầu mới trong việc quản lý hàng hóa tái nhập 

Doanh nghiệp phải tăng cường kiểm soát, theo dõi hàng hóa tái nhập của loại hình gia công xuất khẩu và sản xuất xuất khẩu để phục vụ sửa chữa hoặc tái chế. Điều này bao gồm việc xây dựng định mức nguyên vật liệu thực tế sử dụng riêng và theo dõi tồn kho riêng biệt đối với phần nguyên liệu được sử dụng trong hoặc thu hồi từ quá trình sửa chữa hoặc tái chế. 

5. Quy định chi tiết hơn về thủ tục tiêu hủy 

• Thông tư 121 mở rộng phạm vi hàng hóa phải thực hiện thủ tục hải quan tiêu hủy bao gồm cả bán thành phẩm và thành phẩm, bên cạnh danh mục cũ đã được đề cập trước đó gồm: nguyên liệu, phế liệu, phế phẩm và máy móc thiết bị. 
• Việc tiêu hủy nguyên liệu, bán thành phẩm, thành phẩm, phế phẩm và máy móc thiết bị phải được thực hiện dưới sự giám sát trực tiếp của cơ quan hải quan, trong khi việc giám sát tiêu hủy phế liệu sẽ dựa trên nguyên tắc quản lý rủi ro. 

6. Thu hẹp phạm vi đối với các trường hợp doanh nghiệp chế xuất (DNCX) được phép không thực hiện thủ tục hải quan 

Thông tư 121 không liệt kê danh sách chi tiết các trường hợp được lựa chọn không thực hiện thủ tục hải quan như trước đây. Thay vào đó, thông tư mới dẫn chiếu đến quy định liên quan tại Nghị định số 35/2022/NĐ-CP. Sự thay đổi này thu hẹp phạm vi áp dụng lựa chọn được phép không thực hiện thủ tục hải quan áp dụng cho các DNCX. Ví dụ, các giao dịch giữa các DNCX, trước đây được lựa chọn không thực hiện thủ tục hải quan, nay phải thực hiện khai báo hải quan như hàng hóa xuất nhập khẩu thông thường. 

7. Hoàn thiện quy định về thủ tục hải quan liên quan đến hoạt động xuất nhập khẩu tại chỗ (XNKTC) và giao dịch giữa DNCX với doanh nghiệp nội địa 

• Theo quy định trước đây, các giao dịch giữa DNCX và các doanh nghiệp nội địa được thực hiện theo hình thức XNKTC. Thông tư 121 đã điều chỉnh cách tiếp cận này và yêu cầu những giao dịch nói trên phải thực hiện theo các thủ tục nhập khẩu và xuất khẩu thông thường. 
• Ngoài ra, các thủ tục hải quan áp dụng cho các giao dịch XNKTC đã được sửa đổi để phù hợp với các quy định mới tại Luật số 90/2025/QH15 và Nghị định số 167/2025/NĐ-CP. 

8. Bổ sung hướng dẫn về việc chuyển đổi loại hình giữa DNCX và doanh nghiệp không hưởng chính sách DNCX 

So với các quy định trước đây, các thủ tục hải quan liên quan đến việc chuyển đổi loại hình từ DNCX sang doanh nghiệp không hưởng chính sách DNCX, và ngược lại, được quy định cụ thể hơn trong Thông tư 121.