Z kolei, pochodzenie preferencyjne, nad którym warto się pochylić, ma na celu możliwość zastosowania obniżonej, często zerowej, stawki cła. Pochodzenie preferencyjne jest ustalane w oparciu o zawarte przez Unię Europejską umowy o wolnym handlu, czy umowy o partnerstwie gospodarczym.
Jak już zaznaczono, to skąd przywożony jest dany towar nie oznacza, że towar pochodzi z kraju przywozu, aby tak było muszą zostać spełnione reguły pochodzenia. I tak, w zakresie pochodzenia preferencyjnego pochodzenie towarów należy analizować z perspektywy reguł pochodzenia określonych w danej, konkretnej, umowie handlowej.
Jak sprawdzić czy sprowadzamy przez nas towar z Wielkiej Brytanii ma preferencyjne pochodzenie z Wielkiej Brytanii?
Krok 1. Należy przeanalizować reguły pochodzenia określone w umowie handlowej zawartej pomiędzy UE a Wielką Brytanią. Podobnie, jeśli sprowadzamy towary z Kanady, to aby sprawdzić czy mają one kanadyjskie preferencyjne pochodzenie należy sięgnąć do umowy handlowej zawartej pomiędzy UE a Kanadą. W konsekwencji, przedsiębiorca importujący towary z różnych kierunków świata, nie może ustalać pochodzenia towarów w oparciu o jeden zestaw reguł, gdyż reguły określone w jednej umowie handlowej mogą (choć oczywiście nie muszą) odbiegać od tych ustalonych w innej umowie handlowej - nawet dla tych samych towarów, sklasyfikowanych pod tym samym kodem CN.
Krok 2. Należy odpowiednio udokumentować to pochodzenie. I tutaj znowu przedsiębiorcy stają przed kolejnym wyzwaniem. Sposób dokumentowania preferencyjnego pochodzenia towarów może różnić się w zależności od stosowanej umowy handlowej. Dodatkowo, niektóre umowy handlowe przewidują możliwość zastosowania preferencyjnego pochodzenia towarów (i wystawienia dokumentów potwierdzających preferencyjne pochodzenie towarów) wyłącznie pod warunkiem zarejestrowania się przez eksportera towarów w tzw. systemie REX i posługiwania się na dokumentach numerem REX. Tym samym, pochodzenie towarów może nie być ani sprawą łatwą do określenia ani do udokumentowania.