Recherche publique et start-up : les secrets d’un mariage heureux 

L’actif fondateur de nombre de start-up deeptech : l’accès à une technologie issue de la recherche publique. Mais la qualité de la technologie n’est qu’un des facteurs de succès. Souvent perçues comme un sujet juridique secondaire, les modalités de transfert conditionnent pourtant levées de fonds, partenariats industriels et valorisation de la société. Quels sont donc les points de vigilance à anticiper dès la négociation ?

En résumé :

• Anticiper dès le départ les conditions qui permettront à la start-up de se financer et de se développer.
• Trouver un équilibre durable entre valorisation de la recherche publique et ambitions entrepreneuriales.
• Sécuriser les paramètres clés du transfert pour préserver les options stratégiques futures de l’entreprise.

Au cœur de la croissance des start-up, le transfert de technologie. Le transfert de technologie ? C’est le processus par lequel les découvertes, les connaissances et la propriété intellectuelle issues du monde scientifique sont acheminées vers des exploitants, essentiellement privés. La vocation de ce processus : opérer la mutation d’une technologie en nouveaux produits et services.

Quelques chiffres en disent toutes l’importance. Sept ans après le lancement du plan Deeptech (doté à son démarrage de trois milliards d’euros), où en est-on ? La France compte quelque 2 830 start-up deeptech actives – 410 créations en 2025 versus 207 en 2019 –, qui ont généré 50 000 emplois directs et 5,4 Md€ de chiffre d’affaires. Ces entreprises ont levé 4,1 Md€ en 2025, soit près de la moitié des financements captés par l’ensemble de la French Tech.

Dès le lancement de l’entreprise, fondateurs, établissements publics, organismes de transfert de technologie (OTT) et investisseurs poursuivent des objectifs distincts :

• la recherche publique, appuyée par les OTT (organismes de transfert de technologie), cherche à valoriser ses actifs, à préserver ses missions et à assurer un retour sur investissement pérenne ;
• la start-up a besoin d’une liberté d’exploitation maximale et d’un effet de levier vis-à-vis des tiers investisseurs ;
• les investisseurs, soucieux de minimiser leur risque, recherchent un projet sécurisé pour en financer la croissance.

Quel est le retour d’expérience ? Nombre de difficultés rencontrées lors des levées de fonds trouvent leur origine dans des accords de transfert – négociés des années auparavant. Un contrat de licence signé au démarrage produit ses effets, a minima, pendant toute la durée des actifs transférés, voire pendant toute la vie de la société.

Réussir le transfert de technologie

Les laboratoires publics, un gisement sous-exploité

En 2024, la dépense intérieure de recherche et développement de la France s’est élevée à 64,1 Md€, soit 2,18 % du produit intérieur brut – en retrait par rapport à l’objectif de 3 % fixé au niveau européen et repris par la loi de programmation de la recherche pour 2030.

En 2025, l’INPI (Institut national de la propriété industrielle) a enregistré 16 807 demandes de brevet (+8,7 %). Parmi les cinquante premiers déposants : neuf établissements publics de recherche ou d’enseignement supérieur. Premier organisme public déposant : le CEA (Commissariat à l’énergie atomique), au 5^e rang, avec 568 demandes ; devant le CNRS (Centre national de la recherche scientifique), au 7^e rang avec 350 demandes, aux côtés de quatre universités et d’un Institut Polytechnique. Au registre des titres en vigueur en France, le CEA et le CNRS figurent parmi les dix premiers titulaires.

Derrière ces volumes : des portefeuilles entiers de brevets, de savoir-faire, de dossiers techniques secrets et de logiciels qui n’atteindront jamais le marché sans opérateur privé. Le législateur l’a vite compris : la loi Allègre du 12 juillet 1999 – reprise et assouplie par la loi Pacte du 22 mai 2019, puis par la loi de programmation de la recherche –, autorise les personnels de la recherche à participer à la création de l’entreprise qui valorisera leurs travaux, à entrer à son capital, à y exercer des fonctions. La création d’entreprise est bel et bien devenue une modalité légitime de la valorisation, versus une exception tolérée.

Demeure une ombre au tableau. Réseau SATT (Société d’accélération du transfert de technologie), cellules de valorisation, pôles universitaires d’innovation, organismes de transfert… Ce paysage saturé en devient parfois illisible, associé à un modèle économique qui reste à consolider voire à faire évoluer, selon le rapport d’information de la commission des finances de l’Assemblée nationale sur les dispositifs de valorisation de la recherche et leur financement (n° 1693, 9 juillet 2025). Traduction pour un fondateur d’entreprise : selon l’interlocuteur rencontré, une même technologie se négociera à des conditions différentes.

Défi de start-up, faire monter les TRL

Une technologie de laboratoire se situe généralement aux premiers niveaux de maturité technologique – Technology Readiness Levels (TRL) –, entre les niveaux 2 et 4 : concept technologique formulé, preuve expérimentale de concept, puis validation en laboratoire. Son accès au marché suppose, ensuite, de progresser jusqu’au TRL 9, soit un système éprouvé en environnement opérationnel.

Ce franchissement est financé et porté – non sans risque – par la start-up sur plusieurs années, à grands renforts de millions d’euros pour les projets les plus longs. Or cette montée en TRL suppose des conditions juridiques précises :

• un droit d’exploiter stable dans le temps, faute de quoi le projet n’offre pas un cadre d’investissement viable et aura un effet dissuasif sur les industriels, partenaires de co-développement ou futurs sous-licenciés ou clients ;
• un domaine d’exploitation suffisamment large, pour absorber les pivots techniques et applicatifs qui accompagnent la montée en maturité ;
• une maîtrise des actifs créés en aval – une part significative de la valeur industrielle naît après le transfert.

Le contrat de transfert est ainsi une infrastructure juridique du processus d’innovation lui-même. La richesse des actifs issus de la recherche publique et la capacité des start-up à les amener jusqu’au marché font du transfert de technologie un maillon essentiel de la chaîne d’innovation. Il permet d’assurer un continuum dans la chaîne de valorisation et concourt à financer la recherche publique elle-même. Pour autant, la qualité scientifique de la technologie ne garantit pas, à elle seule, la réussite du projet.

Trois écueils

Une hétérogénéité des pratiques. Les prises de participation et les mécanismes de relution des organismes de transfert ne sont pas toujours adaptés. Des grilles de pourcentage standardisées s’appliquent, sans tenir compte du niveau de maturité de la technologie transférée ni des apports futurs de la start-up – montée en TRL, financements levés, création d’actifs complémentaires ou entièrement nouveaux, perfectionnements apportés à l’innovation transférée, risque industriel assumé. Par ailleurs, le calcul des conditions financières procède souvent de projections de TRI (taux de rendement interne), décorrélées de la réalité du marché. Il doit donc être rationalisé et mis en perspective avec les investissements à venir.

Une absence de conscientisation. Certaines cellules de valorisation raisonnent à la signature, non sur la durée de vie du projet. Elles n’intègrent pas toujours les contraintes de la phase aval : besoins de trésorerie, exigences des investisseurs, calendrier réglementaire, coûts d’industrialisation.

Des porteurs insuffisamment accompagnés. Des chercheurs qui négocient seuls ou assistés de conseils non spécialisés se concentrent sur une fraction des points à traiter – le plus souvent, l’upfront (paiement initial ou versement forfaitaire versé au début d’un contrat) et le taux de redevance. Le risque : se focaliser sur des aspects secondaires, au détriment des stipulations structurantes (domaine, perfectionnements, changement de contrôle ou transfert).

Négocier au-delà de la simple technique juridique 

Comprendre les contraintes de la recherche publique

Pourquoi une négociation de transfert échoue-t-elle ? Le plus souvent quand une partie prête à l’autre une logique économique différente de la sienne. L’établissement public n’est pas un cédant ordinaire qui cherche à maximiser un prix de sortie : il agit sous quatre contraintes simultanées. Avant d’ouvrir le premier term sheet, il convient de les avoir en tête.

Une mission de valorisation. L’une des missions statutaires des établissements publics : transférer des résultats de la recherche vers le monde économique. Un directeur de la valorisation ne négocie pas un actif dont il pourrait librement disposer : il exécute une mission. D’où l’importance pour une start-up de formuler ses demandes en termes de valorisation effective de la technologie, et non pas de simple réduction de coût.

La préservation des activités de recherche. Impossible, pour un établissement public, de signer un accord qui l’empêcherait de poursuivre ses travaux, de les publier ou de former des doctorants sur le socle technique concédé. Une contrainte structurelle liée à la liberté académique et à ses engagements. Toute clause perçue comme fermant l’accès du laboratoire à son propre champ de recherche sera refusée. Pour autant, l’étendue de cette réserve est négociable (comme évoqué au point « b » ci-après).

La volonté de générer un retour économique. Dépôts, extensions, annuités, programmes de maturation… L’établissement ou son OTT a engagé des dépenses réelles et doit démontrer, indicateurs à l’appui, que ces investissements produisent un retour. Si celui-ci peut être monétaire à court terme, il peut aussi s’exprimer en créations d’entreprise, en emplois, en contrats de collaboration ou en co-publications. Quel indicateur pilote votre interlocuteur ? Le savoir change la nature de la discussion : un upfront renégocié peut parfois être compensé par le paiement d’un milestone ultérieur ou par un engagement de collaboration pluriannuelle.

Des contraintes réglementaires spécifiques. Règles de la commande publique, exigences de conditions de marché, encadrement des aides d'État, règles déontologiques applicables aux chercheurs, protection des technologies sensibles… Un établissement public est soumis à un cadre souvent ignoré de la start-up. Ces contraintes expliquent pour une large part ses positions qui semblent purement dogmatiques : faute de justification documentée, l’interlocuteur est dans l’incapacité de dire oui. Combattre ces principes – toutefois aménageables dans le cadre de la négociation – s’avère être une perte d’énergie et génère un climat qui dégrade la négociation d’autres paramètres du transfert.

Préserver la recherche fondamentale subséquente

Le maintien des droits de recherche, souvent réaffirmé dans les contrats de transfert, est légitime : l’établissement public peut poursuivre ses travaux, les publier et former des chercheurs. Cette liberté académique ne saurait être remise en cause.

Le risque n’est pas théorique : la recherche subséquente peut générer, sur le même socle technique, des actifs en concurrence directe avec ceux exploités par la start-up, voire les rendre accessibles à un tiers industriel. Plutôt que de remettre en cause le principe, la négociation doit encadrer les pratiques susceptibles de porter atteinte à l’exploitation de l’actif concédé.

Encourager la collaboration continue avec le laboratoire d’origine

Organiser le lien avec l’entreprise publique plutôt que le rompre, tel est l’enjeu. Le laboratoire d’origine reste, dans la quasi-totalité des cas, le meilleur partenaire de R&D de la start-up : il détient le savoir-faire tacite, les équipements et les inventeurs. Contrat-cadre de collaboration, laboratoire commun, mise à disposition de personnels, thèses Cifre (Convention industrielle de formation par la recherche), comité de suivi technique : ces instruments doivent être pensés en même temps que la licence, et non trois ans plus tard.

Combattre les dogmatismes

De part et d’autre subsiste une lecture morale du transfert : le privé « capterait » l’argent public ; le public « rançonnerait » l’entrepreneur. Deux postures économiquement fausses. La transformation de l’innovation en produits et services doit être une réussite partagée : faute d’exploitation industrielle, il n’y a ni retour financier pour l’établissement, ni impact sociétal, ni indicateur de valorisation. Seul juge de paix : la réussite du projet, dont dépendent les redevances futures.

Dépasser ces oppositions de principe suppose de : replacer la réussite du projet au cœur de la négociation, identifier les mécanismes capables, aligner durablement les parties.

Aligner les intérêts

Les trois principales parties prenantes au projet poursuivent une même finalité : transformer une innovation en succès économique.

• L’organisme public veut un retour pérenne, des indicateurs de valorisation et poursuivre ses recherches. Ce n’est possible que si la société réussit : une licence non exploitée ne produit ni redevance, ni emploi, ni impact.
• La start-up veut une liberté d’exploitation maximale et un effet de levier vis-à-vis des tiers investisseurs. Et elle a tout intérêt à ce que l’établissement demeure engagé : c’est lui qui détient le savoir-faire tacite, les équipements et au moins une partie des inventeurs.
• Les investisseurs veulent une sécurité juridique suffisante pour financer la croissance et une charge contractuelle modélisable. Leur exigence porte sur la lisibilité de l’accord.

Traduction dans les contrats de cette convergence : les mécanismes indexés sur la réussite – milestones raisonnables, redevances non confiscatoires et assises sur une assiette cohérente de revenus, clauses de succès, participation au capital – alignent les parties, tandis que les mécanismes indexés sur la signature – upfront élevé et non bloqué, minimums d’exploitation déconnectés du marché, redevances élevées et prélèvements forfaitaires sur cession – les opposent. Négocier l’alignement, c’est donc arbitrer en faveur des premiers.

Une fois les contraintes comprises et les intérêts alignés, reste à choisir la forme de transfert la plus adaptée au projet : licence, cession ou modèle hybride.

Licence, cession, modèle hybride : choisir la bonne option dès le départ 

La licence est devenue la norme. Pour l’établissement public, la cession emporte dépossession, avec un impact négatif sur ses indicateurs. Pour la start-up, le coût d’une cession est immédiat, à un moment où sa trésorerie est faible. A priori, la licence est moins onéreuse : selon ses termes, elle ne freine pas forcément l’investissement.

La cession demeure l’exception. Si la propriété est pleine et entière et qu’elle garantit simplicité future et lisibilité en due diligence, son coût est élevé et cette option se heurte à la réticence des établissements.

Les modèles hybrides existent. Il s’agit de : une licence assortie d’une option d’achat à prix déterminé ou déterminable, une licence assortie d’une prise de participation, des mécanismes de conversion. Les OTT mutualisent fréquemment leur risque – et celui de leur mandant – entre capital et conditions financières : en pratique, une participation comprise entre 5 % et 20 % du capital, complétée de milestones, de redevances, de comptes courants d’associé (CCA) et/ou d’obligations convertibles (OCA). Certains acteurs, tel Inria via sa start-up studio, retiennent une logique inverse : une participation limitée – de l’ordre de 5 % –, en contrepartie d’une licence gratuite dans bien des cas.

Les sept leviers d’une licence optimale

Une licence a plus de chances d’être financée lorsqu’elle donne à la société les droits nécessaires pour exploiter le plein potentiel de la technologie. Sept paramètres méritent d’être négociés dès le premier term sheet.

1. Limiter l’impact du transfert de la dette. Frais de propriété intellectuelle antérieurs, coûts de maturation et upfront sont fréquemment reportés en quasi-totalité sur la start-up. Ces montants doivent être plafonnés, échelonnés et, lorsqu’ils sont à l’origine de la prise de participation de l’organisme de valorisation, être fléchés – uniquement vers le maintien de cette participation.

2. Justifier la prise de participation lorsqu’elle est pratiquée. L’entrée au capital est légitime si elle rémunère un risque réel et produit un effet mesurable sur les autres conditions financières. À défaut, elle crée une double peine : ce qui est pris en capital doit avoir une vraie incidence sur les redevances et les milestones, même si le fléchage de ces revenus diffère en partie de ceux du capital – or ce n’est pas toujours le cas.

3. Neutraliser la dette initiale au regard de la trésorerie. Lorsque la créance de maturation est constatée en compte courant d’associé ou convertie en obligations, il convient de négocier une durée de blocage suffisante. But de l’opération : éviter une incidence trop importante sur la trésorerie dans une phase tendue d’investissement. Le taux et les modalités de conversion de la créance au capital, dans la limite de la participation initiale, sont des paramètres cruciaux. L’objectif : maintenir l’établissement au capital sans faire peser un risque de liquidité sur la société.

4. Obtenir l’exclusivité sur un domaine large, une durée longue et un territoire pertinent. L’exclusivité octroie un monopole d’exploitation opposable, même au titulaire. L’élément central de sécurité juridique pour le licencié est le premier point examiné par les investisseurs. Le domaine doit correspondre aux potentialités de la technologie et non au seul cas d’usage identifié à la signature. La durée doit être calquée sur la vie des actifs. Le territoire doit couvrir les marchés visés, pas seulement les pays actuellement couverts par les titres.

5. Sécuriser un accès prioritaire aux perfectionnements, pendant toute la durée du contrat. Les perfectionnements (inventions nouvelles techniquement liées à l’invention de base et placées sous la dépendance juridique du titre) sont souvent un atout dans la dynamique du projet. En pratique, cet accès est trop souvent limité à une fenêtre courte – exemple : trente-six mois après la signature de la licence – et à un simple engagement de meilleurs efforts. Il faut viser un droit de préférence ferme, sur toute la durée du contrat, assorti d’un mécanisme d’intégration quasi-automatique – même si certaines conditions pourront être à négocier, principalement l’incidence sur les royalties actuelles.

6. Plafonner les redevances ou organiser la cession à terme. Lorsque le retour sur investissement du laboratoire et/ou de l’organisme de transfert est assuré, un plafonnement global, une clause de buy-out à prix déterminé ou une option d’achat exerçable à des conditions financières fixées ou calculables réduisent considérablement l’insécurité juridique et rendent le passif contractuel modélisable par un investisseur.

7. Ne pas bloquer une opération de sortie. Sous réserve des contraintes réglementaires légitimes – protection des intérêts fondamentaux de la Nation, contrôle des investissements étrangers, technologies sensibles –, le transfert de la licence à l’acquéreur de la start-up ne doit pas ni pouvoir être refusé de façon discrétionnaire ni être conditionné à des prélèvements importants et non plafonnés, pratique que certains organismes commencent à introduire. La clause de transfert masque alors une contrepartie financière supplémentaire.

Tous ces aspects sont à négocier dès la première version du contrat. Une bonne licence sécurise l’accès au marché : elle confère des droits suffisants pour exploiter pleinement la technologie. Lors des due diligences, elle rend la société finançable. À l’inverse, une licence trop éloignée des usages impose, au mieux, de rouvrir la négociation avant la levée – avec un rapport de force défavorable et un calendrier contraint – et, au pire, fait perdre l’opération. Dans un marché où les tours de table se raréfient et où les investisseurs privilégient les dossiers robustes, un projet qui part avec ce handicap compromet sérieusement ses chances, alors même que le parcours d’une deeptech est jalonné de financements dilutifs et d’effets de levier non dilutifs adossés à ces derniers.