Takie stanowisko Dyrektora KIS można odnaleźć m.in. w interpretacji z 4 listopada 2022 r., o sygn. 0111-KDIB1-1.4010.521.2022.2.AW. W opisanym zdarzeniu przyszłym podatnik planował połączenie spółek przez przejęcie, przy czym udziały spółki przejmowanej nabył wcześniej (w 2018 r.) w wyniku wymiany udziałów. Organ stwierdził, że z uwagi na nowy art. 12 ust. 4 pkt 12 lit. a ustawy o CIT planowane połączenie nie będzie neutralne podatkowo, ponieważ nie będzie pierwszą restrukturyzacją – każda, nawet historyczna wcześniejsza reorganizacja, wyklucza neutralność kolejnej.
Innymi słowy, od 2022 r. organy podatkowe wymagają, aby udziały będące przedmiotem transakcji nie zostały w przeszłości objęte w wyniku żadnej innej wcześniejszej restrukturyzacji – o ile kolejna ma nie powodować powstania przychodu podatkowego.
Z tego względu, po wejściu Polskiego Ładu, Dyrektor KIS zaczął domyślnie kwestionować neutralność drugich i kolejnych etapów restrukturyzacji, prezentując restrykcyjną linię interpretacyjną w wydawanych interpretacjach indywidualnych. Dla podatników oznaczało to zaostrzenie warunków neutralności podatkowej: oprócz dotychczasowego wymogu ekonomicznego uzasadnienia transakcji i braku unikania lub uchylania się od opodatkowania (tzw. klauzuli antyabuzywnej z art. 12 ust. 13–14 ustawy o CIT), pojawił się wymóg badania historii udziałów lub akcji spółek, które miały być przedmiotem planowanej restrukturyzacji.
Stanowisko sądów administracyjnych
W odpowiedzi na restrykcyjną wykładnię nowych przepisów prezentowaną przez Dyrektora KIS podatnicy zaczęli kierować liczne skargi do sądów administracyjnych. W odpowiedzi sądy zaczęły uchylać niekorzystne dla podatników interpretacje indywidualne, uznając podejście organów za błędne, a przepisy za potencjalnie niezgodne z prawem unijnym. Kluczowe orzeczenia zapadły w sprawach podatników, którzy zaskarżyli niekorzystne interpretacje dotyczące art. 12 ust. 11 pkt 3 ustawy o CIT.
Przykładowo, WSA w Olsztynie w wyroku z 28 czerwca 2023 r., o sygn. I SA/Ol 118/23, uchylił negatywną interpretację Dyrektora KIS, w której zakwestionował on neutralność połączenia ze względu na wcześniejszą wymianę udziałów dokonaną przed rokiem 2022. Olsztyński sąd skrytykował argumentację przedstawioną w interpretacji, wskazując na dwie kluczowe kwestie:
- Nadrzędność prawa unijnego – WSA w Olsztynie podkreślił, że organ wydający interpretację musi uwzględniać przepisy dyrektywy mergerowej i dokonywać prounijnej wykładni krajowych regulacji o neutralności. Dyrektywa mergerowa nie przewiduje warunku „pierwszej restrukturyzacji”, a art. 12 ust. 11 pkt 3 ustawy o CIT w oczywisty sposób ogranicza neutralność reorganizacji w dużo szerszym stopniu niż dopuszcza to dyrektywa, która zakłada brak opodatkowania każdej restrukturyzacji, o ile nie ma ona na celu unikanie lub uchylanie się od opodatkowania. Sąd w Olsztynie wskazał, że celem unijnej regulacji nie było tworzenie barier na drodze wielokrotnych reorganizacji, a warunek wynikający ze znowelizowanych przepisów odnosi właśnie taki skutek.
- Zakaz retroaktywności – WSA w Olsztynie wskazał, że brak przepisów przejściowych w ramach nowelizacji nie oznacza przyzwolenia na działanie prawa wstecz. Przeciwnie, skoro ustawa zmieniająca nie wskazuje inaczej, nowy art. 12 ust. 4 pkt 12 lit. a ustawy o CIT powinien być stosowany wyłącznie do stanów faktycznych zaistniałych w całości po 1 stycznia 2022 r. Sąd olsztyński stwierdził wprost, że organ błędnie dopatrzył się możliwości stosowania znowelizowanych przepisów do transakcji, które miały miejsce przed jego wejściem w życie.
Również WSA w Gliwicach w wyroku z 28 kwietnia 2023 r., o sygn. I SA/Gl 14/23, wskazał na konieczność dokonywania wykładni przepisów krajowych z poszanowaniem zasady pierwszeństwa prawa unijnego nad normami prawa krajowego i uchylił interpretację indywidualną w analogicznej sprawie. W podobnym duchu wypowiedział się także WSA w Warszawie z 5 czerwca 2025 r., o sygn. III SA/Wa 513/25.
Do przełomu w sporze pomiędzy podatnikami a Dyrektorem KIS doszło 2 czerwca 2025 r., kiedy to – jak wspomniano na wstępie – WSA w Gliwicach skierował do TSUE pytanie prejudycjalne w zakresie zgodności krajowych przepisów restrukturyzacyjnych z dyrektywą mergerową (postanowienie o sygn. I SA/Gl 34/25).
W sprawie zgodności przepisów krajowych z prawem Unii nie wypowiedział się jak dotąd Naczelny Sąd Administracyjny – wprawdzie wiele wyroków sądów wojewódzkich zostało zaskarżonych do wyższej instancji, jednak NSA wstrzymuje się z wydaniem rozstrzygnięć do czasu zajęcia stanowiska przez TSUE.
Perspektywy na przyszłość
Aktualnie kluczowe znaczenie dla podatników będzie mieć orzeczenie TSUE, które zapadnie w odpowiedzi na pytanie prejudycjalne zadane przez WSA w Gliwicach.
W przypadku stwierdzenia przez TSUE, że przepisy krajowe konstytuujące dodatkowe warunki neutralności restrukturyzacji są niezgodne z dyrektywą mergerową – co, jak wskazuje wielu praktyków oraz przedstawicieli doktryny, jest scenariuszem wysoce prawdopodobnym – skutki takiego rozstrzygnięcia mogą okazać się bardzo daleko idące. Rozstrzygnięcie takie oznaczałoby, że ekonomicznie uzasadnione reorganizacje powinny być neutralne podatkowo, niezależnie od tego, czy są one pierwszą, czy kolejną transakcją. Takie stanowisko TSUE oznaczałoby z jednej strony konieczność odpowiedniego dostosowania prawa krajowego przez polskiego ustawodawcę, a z drugiej otwierałoby ścieżkę, która być może pozwoliłaby odzyskać nienależnie uiszczony podatek w związku ze zrealizowanymi działaniami restrukturyzacyjnymi.
W zależności od rozstrzygnięcia TSUE spółki, które, kierując się ostrożnościowym podejściem, zapłaciły podatek w związku z transakcją wymiany udziałów, połączenia czy podziału po 1 stycznia 2022 r. z powodu niespełnienia warunku „pierwszej restrukturyzacji”, mogą uzyskać istotny argument przemawiający za wystąpieniem z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty i zwrot zapłaconego podatku. W przypadku pozytywnego rozstrzygnięcia TSUE organy nie powinny kwestionować neutralności podatkowej restrukturyzacji, co umożliwiłoby również skorygowanie rozliczeń dokonanych w przeszłości.
Jednocześnie ewentualne korzystne dla podatników orzeczenie TSUE miałoby również istotne znaczenie systemowe, stanowiąc czytelny sygnał dla biznesu oraz impuls dla planowanych działań restrukturyzacyjnych, które obecnie często są wstrzymywane z uwagi na aktualny kształt ram prawnych i istniejące rozbieżności w sposobie ich interpretowania przez organy podatkowe i sądy.
Współautorem tekstu jest: Michał Olędzki, senior w Zespole Podatków Międzynarodowych, EY Polska.