令和8年3月期法人税申告の留意事項

令和8年3月期決算法人が法人税の確定申告を行う際に留意すべき事項を解説します。税制改正により取扱いが変更となった主な項目として、リースに関する取扱い、中小企業関連、試験研究費の範囲、外国子会社合算税制、イノベーションボックス税制、外形標準課税を取り上げます。

要点

• 令和8年3月期の法人税申告では、令和7年度税制改正の内容を中心に確認するが、他の年度の改正にも注意する。
• リースに関する取扱いは法人税法のほか、関連する通達も確認が必要。
• 中小企業者等に関する改正に注目。
• 外形標準課税は減資等への対応が適用開始。

Ⅰ はじめに

本稿では、税制改正に伴い令和8年3月期の法人税申告において影響を受ける可能性がある主要な項目を解説します。その多くは令和7年度税制改正に属する事項ですが、一部、令和6年度の税制改正で手当てされたものも含まれるため留意が必要です。

なお、実際の法人税申告に当たっては、本稿で取り上げるもの以外の改正事項についてもご確認ください。

※ 2026年1月16日時点の情報を基に執筆しています。

Ⅱ 法人税

1. リースに関する会計基準等への対応

新リース会計基準の公表に伴って、リース税制について以下の改正が行われました。

(1) 借手の処理

① オペレーティング・リース取引に係る契約に基づき支払う金額については、その事業年度に債務の確定した部分の金額が損金の額に算入される旨の規定が新たに設けられました。賃貸借取引として支払賃借料を損金の額に算入する点で今までの取扱いと変わりはなく、課税所得への影響はありません。なお、リースに関する会計基準の早期適用により、オペレーティング・リース取引に係る使用権資産とリース負債を貸借対照表に計上した場合には、新たに設けられた規定に基づき必要な税務調整を行うことになります。

② 令和9年4月1日以後に締結された所有権移転外リース取引に係るリース資産の減価償却（リース期間定額法）の計算の基礎となるリース資産の取得価額については、その取得価額に含まれている残価保証額に相当する金額を控除しないこと、そして、リース期間内において定額で１円（備忘価額）まで償却できる改正が適用されます。なお、この改正に伴って、令和7年4月1日以後に開始する事業年度において、経過リース期間定額法を選定することができる経過措置が講じられています。

経過リース期間定額法とは、経過リース資産の改定取得価額を改定リース期間の月数で除して計算した金額にその事業年度におけるその改定リース期間の月数を乗じて計算した金額を各事業年度の償却限度額として償却する方法をいいます。また、改定取得価額とは、経過措置の適用を受ける経過リース資産のその適用を受ける最初の事業年度開始の時における取得価額（その最初の事業年度の前事業年度までの各事業年度においてした償却の額で損金の額に算入された金額がある場合には、その金額を控除した金額）をいい、改定リース期間とは、経過措置の適用を受ける経過リース資産のリース期間のうちその適用を受ける最初の事業年度開始の日以後の期間をいいます。

(2) 貸手の処理

新リース会計基準において割賦基準が認められなくなったため、リース譲渡に係る収益及び費用の帰属事業年度の特例（延払基準の特例）は廃止されました。

延払基準の廃止に伴い、令和7年4月1日前にリース譲渡を行ったことがある法人の同日以後に開始する事業年度（経過措置事業年度）の旧リース譲渡については、引き続き、延払基準の方法により益金の額又は損金の額に算入できるほか、一定の経過措置が設けられています。

(3) 法人税基本通達の改正

リース税制の改正に伴い、令和7年6月30日付で法人税基本通達の改正が行われました。

この中で、いわゆるフリーレントに関する取扱いが新設され、無償等賃借期間が含まれている賃貸借取引については、損金経理を要件として課税上弊害がある場合を除き、賃借期間を通じた支払額を賃借期間にわたって均等に支払われるべきものとした場合に、各事業年度中に支払われるべき費用の額をその各事業年度の損金の額に算入するものとして取り扱うこととされました。今まで、賃料の支払がない期間は成立する債務がないものとして取り扱われてきましたが、今回の改正により税務調整を要しないケースが増えることになると考えられます。

3. 試験研究費の額の範囲の見直し

試験研究費に係る税額控除制度の適用対象となる試験研究費の額から、内国法人の国外事業所等を通じて行う事業に係る費用の額が除かれることになりました。国外事業所等とは、海外支店等の恒久的施設（PE）に該当するものをいいます。国外事業所等を通じて試験研究を行っている場合は当期から集計範囲が変わるため留意が必要です。また、租税特別措置法関係通達（法人税編）に基づき、比較年度の試験研究費の額についてもその改正後の規定により計算することとなります。

（租税特別措置法関係通達〈法人税〉編）

Ⅲ 法人事業税

外形標準課税に係る改正として、減資への対応が適用されます。その事業年度の資本金が1億円以下でも、前事業年度に外形標準課税の対象であった法人については、その事業年度の資本金と資本剰余金の合計額が10億円を超える時は外形標準課税の対象となります。

なお、改正税法の公布日（令和6年3月30日）を含む事業年度の前事業年度から施行日（令和7年4月1日）以後最初に開始する事業年度の前事業年度までに、一度でも外形標準課税の対象であった法人については、課税される事業年度の「前事業年度」に外形対象法人でなかったとしても、施行日以後最初に開始する事業年度における資本金が1億円以下で、資本金と資本剰余金の合計額が10億円を超えるものは、外形標準課税の対象とする経過措置が講じられています。

Ⅳ おわりに

以上、令和8年3月期の法人税と法人事業税申告に関する留意事項のうち主要なものを取り上げました。税制改正や実務対応は年々複雑化しており、適切な判断には最新情報の把握と早期の準備が不可欠です。本稿が、皆さまの申告業務に少しでもお役に立てれば幸いです。