Kwestia ta budzi największe kontrowersje na tle obecnego brzmienia projektu ustawy wdrażającej dyrektywę, zgodnie z którym wewnętrzne postępowanie wyjaśniające powinno zostać przeprowadzone niezależnie od postępowania grupowego. Możliwe jest, że zagadnienie to zostanie doprecyzowane w trakcie prac legislacyjnych. Na ten moment natomiast przepisy wyróżniają dwa etapy postępowania wyjaśniającego:
- przyjmowanie zgłoszeń, w tym komunikacja ze zgłaszającym;
- rozpatrywanie zgłoszeń, w tym ich weryfikacja oraz podejmowanie działań następczych.
Zgodnie z projektem ustawy, podmiotowi zewnętrznemu będzie można powierzyć podejmowanie czynności w ramach pierwszego z ww. etapów, jednak już nie drugiego. Wyjątek w tym zakresie będzie czyniony dla podmiotów zatrudniających od 50 do 249 osób, które będą mogły dzielić się między sobą zasobami także w zakresie etapu drugiego.
Podejście przyjęte przez polskiego projektodawcę jest spójne ze stanowiskiem Komisji Europejskiej, opartym na art. 8 dyrektywy, zgodnie z którym każda spółka zatrudniająca 250 lub więcej pracowników powinna ustanowić wewnętrzne kanały zgłaszania naruszeń, oraz może fakultatywnie ustanowić również kanały grupowe.
Na ten moment przepisy nie dopuszczają całkowitego zastąpienia kanału wewnętrznego kanałem grupowym – mając natomiast na względzie możliwość przekazania części czynności podmiotowi zewnętrznemu (w tym np. spółce dominującej w grupie), można rozważyć, w jakim zakresie zminimalizować konieczność zaangażowania podmiotu krajowego w tylko niektóre działania podejmowane w ramach systemu whistleblowing.
W przypadku wprowadzenia zarówno kanału wewnętrznego, jak i grupowego, do decyzji sygnalisty pozostawać będzie wybór, z którego kanału skorzystać.
W celu zapewnienia zgodności wprowadzanych procedur z wymogami dyrektywy, jak i ustawy ją implementującej, a jednocześnie minimalizacji koniecznych modyfikacji dotychczasowych rozwiązań (w tym kanałów grupowych), rekomendowane jest skorzystanie ze wsparcia podmiotu oferującego doradztwo profesjonalne w tym zakresie.